L' expérience de l'interprétation au clavier de l'orgue et du clavecin, de la direction de chanteurs et d'ensembles, Martin Gester la fait partager au Conservatoire et à l'Académie Supérieure de Musique de Strasbourg. 
Titulaire de deux CA d'enseignement dans les Conservatoires - celui de clavecin et celui de "Musique Ancienne" - après avoir été major de l' Agrégation de Musique, Martin Gester a dispensé au sein du Département de Musique Ancienne de cette ville les enseignements suivants :

• dans le cadre de l'Académie Supérieure de Musique (partie de la Haute Ecole des Arts du Rhin - HEAR), l'interprétation au clavecin comme dominante ou comme matière complémentaire 
• un cursus de "Claveciniste chef d' ensembles / de chanteurs" (niveau Licence/Master)  en sus  des cours de musique de chambre. 
• Chant baroque : cours d'interprétation en complément des cours de Ulrike Hofbauer, professeur de chant baroque. 
• dans le cadre du Conservatoire de Musique et de Danse, Interprétation du répertoire baroque aussi bien pour chanteurs que pour instrumentistes :  "Interprétation du Répertoire baroque de Monteverdi à Mozart", cursus de Spécialisation  à la carte, pour artistes déjà diplômés dans les Conservatoires et désirant approfondir une direction choisie selon une démarche et un rythme personnalisés. 
• enseignement complémentaire du pianoforte  (répertoire préclassique et  classique).
• enseignement complémentaire  de l'interprétation du répertoire  baroque sur les orgues historiques de la ville de Strasbourg, et notamment l'orgue Jean André Silbermann de l'église Saint Thomas. 
• enseignement de la musique de chambre baroque et direction de l'orchestre baroque. 

A présent en retraite de l'enseignement régulier de l'Académie Supérieure et du Conservatoire de Strasbourg, Martin Gester enseigne quelques heures dans le cadre du tout nouveau Département de Claviers anciens (à côté de Benjamin Steens et d'Aline Zylberajch) est est régulièrement invité à diriger l'Atelier baroque (stages d'orchestre, concerts) avec Stéphanie Pfister. 

Il se dédie plus que jamais, depuis lors, aux masterclasses, cours d'interprétation dans les institutions publiques en France et ailleurs (en Allemagne, au Luxembourg, en Pologne, au Japon, en Australie...) et au cours d'Académies (notamment à Strasbourg, à Lanvellec, à Kunín (Cz) et à Kielce (Pol). 

Des master classes régulières parsèment les saisons de concerts et d'enseignement. 
Martin Gester est invité à faire partager à des audiences de divers âges et de diverses cultures son expérience de  l'interprétation :

• aux claviers - orgue, clavecin et pianoforte classique - ou autour des claviers, en mettant particulièrement en relation une approche plus authentique reliant entre eux l'ensemble des langages d'une époque - une approche foncièrement humaniste et globale (sur "la musique d'orgue française en relation avec la musique vocale/la danse", "le Clavier bien tempéré de J.S. Bach comme microcosme", "les Partitas ou Clavierübung 1 de J.S. Bach, première étape d'un grand oeuvre", " J.S. Bach et le style français"...
• à l'intention des chanteurs, notamment à travers l'étude approfondie du domaine de la cantate baroque, microcosme du langage lyrique ouvrant aussi bien à l'opéra, à l'oratorio qu'au motet baroques et à leurs prolongements classiques (au Centre de Musique Baroque de Versailles, à l'Opéra-Studio de l'Opéra du Rhin, à la Musikhochschule - Mainz, la Musikhochschule - Karlsruhe, Université de Tokyo...). Travail de la technique du récitatif et de son évolution de Monteverdi à Mozart. 
• sous la forme de sessions d'orchestre baroque au Conservatoire de Strasbourg, au Conservatoire National Supérieur de Paris, et avec l'Atelier lyrique et orchestral du Parlement de Musique Génération Baroque.